El ejército ha rodeado el internado con el protocolo NRBQ, y no deja salir a nadie de él ya que está en cuarentena. Todos lo habitantes del internado acaban contagiados y sin medicinas. Se decubre que todo está en manos de Ottox y que el coronel Araujo que está al mando de la cuarentena es uno de los nazis y fundador del proyecto Géminis. El coronel cuenta con la ayuda del Teniente Nicolás Garrido, qué está infiltrado en el Internado. Cuatro personas nuevas e infectadas entran en el internado: Clara (antigua profesora de baile que trabaja para Ottox), Curro (que entra en busca de Amaia), la madre de Javier Holgado y otro chico más del que aún no se sabe nada. Al final de la temporada, los chicos descubren que Roque es el traidor; Amelia y Elsa mueren, Héctor está atrapado, Sandra es secuestrada de nuevo por Camilo. Se descubre que Amaia es la nieta de una de los fundadores del Proyecto Géminis y muere en los pasadizos.